4월 9일 양도소득세 세액산정에 대해 대법원이 판결을 하면서 헌법재판소의 한정위헌결정의 법적 효력을 정면으로 부정하면서 헌법재판소와 대법원의 관계 문제가 심각성을 드러내 보였다. 이 사건은 단순히 양도소득세 세액산정의 문제에 그치는 것이 아니라 헌법재판소에 대해 대법원이 일종의 공격을 한 것이 아니냐 하는 의문을 낳았다. 그것은 종래 대법원이 헌법재판소의 권한에 대해 시비를 걸어 마찰이 적지 않았고, 현재 법원의 판결을 헌법소원 심판의 대상으로 할 것이냐가 바로 헌법재판소의 심판의 대상이 되어 있기 때문에 그런 의문을 증폭시킨다.
법학계에서는 법원의 판결도 국가권력의 하나인 사법권력의 작용이기 때문에 국가권력을 만들어 낸 헌법에 기속되어야 한다는 것에 대해서는 이론이 없는 것으로 보인다. 법조 실무계에서도 의견이 나누어져 있지만 반대론의 경우도 4심이 된다는 것을 이유로 반대하는 것 이외에는 이런 헌법원리를 정면으로 부정하는 견해를 찾기 어렵다.
우리 나라의 헌법소원제도는 1987년 국민의 민주화 투쟁에 의해 얻어낸 1987년 헌법에 의해 인정된 것이다. 이 제도는 국민의 기본권을 더욱 철저히 보장하기 위하여 기존의 통상의 권리구제 절차를 밟았으나 구제를 받지 못했을 때 마지막으로 기본권 구제를 구하는 제도이다. 이 제도는 단순한 필요성을 넘어 철저히 현대 입헌 민주국가의 원리에 의해 인정되는 제도이다.
이 제도를 법제화하는 과정에서 헌법소원의 대상에는 당연히 모든 국가의 공권력의 행사와 불행사가 포함됨에도, 당시 법원의 집요한 로비에 의해 매우 어색하게도 헌법재판소법 제68조 제1항에서 이를 제외하는 규정을 두었다. 그 결과 실제로 우리의 헌법소원은 매우 한정된 영역에서만 국민의 기본권을 수호하는 기능만 하게 되었다. 즉 국민은 공권력의 행사나 불행사로 인하여 기본권을 침해당한 경우 어떤 경우에도 기본권을 구제받아야 하는데, 법원의 재판이 헌법소원에서 제외됨으로 인하여 거의 대부분은 법원의 재판을 받는 것으로 끝을 맺어야 했다. 그 결과 겨우 헌법소원이 국민의 기본권 구제 수단으로 작동하는 것은 흔치 않은 법률에 대한 헌법소원과 검사의 불기소처분에 대한 헌법소원 정도에 머물고 있다 .
그러나 우리가 체험을 하였듯이 법원의 재판이 재판이라는 이름으로 국민의 기본권을 침해한 경우가 적지 않았다. 아무리 타 국가권력이 국민의 자유와 권리를 침해한 경우라도 법원이 그런 침해가 없다고 하면 더 이상 국민은 호소할 데가 없었다. 입법작용, 행정작용 등 모든 국가권력이 그렇듯이 국가권력의 일차적 임무는 국민의 기본권을 수호하고 실현시키는 것이지만, 언제나 표변하여 국민의 기본권을 침해할 가능성은 항상 존재한다. 그래서 입법작용, 행정작용이 기본권을 침해하는 경우 그 구제수단을 두고 있다. 이 점은 법원의 재판도 마찬가지이다. 법원의 재판도 국민의 기본권을 지키는 최후의 보루가 아니라, 국회나 행정부와 마찬가지로 국민의 자유와 권리를 실현시키는 하나의 국가기관에 지나지 않는다. 그렇다면 법원의 재판에 의해 국민의 기본권이 침해당할 위험성은 상존하고 있다. 과거 법원의 재판으로 국민의 기본권이 제대로 구제 받지 못한 경우 국민은 법정에서 판사를 비난하거나 재판받기를 거부하는 방법으로 항거하였으나, 오히려 국민은 더한 피해를 보았다. 바로 이런 재판의 이름으로 국민의 자유와 권리가 침해당하는 것을 방지하고 피해를 구제하는 것이 재판에 대한 헌법소원이다.
국민이 주권자의 지위에서 헌법을 제정하고, 이런 헌법이 국가법질서의 최상위에 있는 한, 법원의 재판이 헌법에 위반되는지를 재판하는 것은 국민의 주권자적인 지위에서 나오는 당연한 요청이다. 현대 입헌민주국가에서는 어떠한 권력도 국민이 합의한 문서인 헌법으로부터 벗어나 제멋대로 행사될 수 없다. 모든 국가권력은 국민의 의사인 헌법의 틀안에서 행사되는 것이다. 국민의 대표자가 만든 법률조차도 이런 원칙에서 벗어날 수 없는데, 법원의 재판이 이런 통제에서 늅틂
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